Ramai yang tidak faham keadaan sebenar tetapi membuat persepsi sendiri tentang hubungan baik antara Istana Johor dengan Pihak Kerajaan. Sebenarnya hubungan antara kedua pihak ini berada didalam keadaan baik.
Dan begitu juga hubungan antara dua pihak tentera iaitu Angkatan Tentera Malaysia (ATM) dan Angkatan Tentera Setia Negeri Johor (JMF) adalah baik.
Mereka juga sering melakukan latihan di udara, darat dan air bersama. Dan sentiasa berkongsi maklumat dan pendapat bagi melindungi kedaulatan negara.
Jika dilihat didalam titah DYMM Sultan Johor, Sultan Ibrahim juga melahirkan ucapan terima kasih kepada Kerajaan Pusat dan Kerajaan Negeri Johor kerana banyak membantu dalam mengukuhkan JMF.
Dengan usaha dari kedua pihak kerajaan ini, kini Anggota JMF dapat menikmati kadar gaji yang sama seperti Anggota ATM. Malah Kerajaan Pusat juga telah meluluskan penambahan Anggota JMF.
Dalam titah itu juga, DYMM Sultan Johor menitahkan agar kerajaan negeri mempertimbangkan untuk memggunakan khidmat Anggota JMF ini dalam hal menjaga bangunan-bangunan milik kerajaan negeri.
Ini kerana jika di jaga oleh Anggota JMF mungkin keadaan akan lebih selamat berbanding pengawal keselamatan yang dibayar oleh pihak ketiga. Dan ini guna dapat memberi peluang kepada Anggota JMF untuk berkhidmat untuk Bangsa Johor.
